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Commit 2117577

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Names and descriptions of learnrs
1 parent ce5ed15 commit 2117577

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‎NEWS.md‎

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22

33
- All learnr exercices tested with svbox2022.
44

5+
- The learnr tutorials are restructured.
6+
57
# BioDataScience1 2022.0.0
68

79
- New version for academic year 2022-2023.

‎inst/tutorials/A00La_decouverte/A00La_decouverte.Rmd‎ renamed to ‎inst/tutorials/A00La_discovery/A00La_discovery.Rmd‎

Lines changed: 2 additions & 2 deletions
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@@ -1,9 +1,9 @@
11
---
22
title: "Découverte de learnr"
33
author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
4-
description: "**SDD I** Quelques exercices simples pour découvrir learnr."
4+
description: "**SDD I** Découverte des tutoriels de type \"learnr\"."
55
tutorial:
6-
id: "A00La_decouverte"
6+
id: "A00La_discovery"
77
version: 2.0.0/5
88
output:
99
learnr::tutorial:

‎inst/tutorials/A01La_outils/A01La_outils.Rmd‎ renamed to ‎inst/tutorials/A01La_tools/A01La_tools.Rmd‎

Lines changed: 9 additions & 101 deletions
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@@ -1,16 +1,17 @@
11
---
2-
title: "Les différents outils"
2+
title: "Vos outils logiciels"
33
author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
4-
description: "**SDD I Module 1** Découverte de GitHub, Markdown, Git, Renku & RStudio."
4+
description: "**SDD I Module 1** Familiarisation avec les logiciels du cours."
55
tutorial:
6-
id: "A01La_outils"
7-
version: 3.0.0/10
6+
id: "A01La_tools"
7+
version: 2.2.0/4
88
output:
99
learnr::tutorial:
1010
progressive: true
1111
allow_skip: true
1212
runtime: shiny_prerendered
1313
---
14+
1415
```{r setup, include=FALSE}
1516
BioDataScience1::learnr_setup()
1617
SciViews::R()
@@ -24,16 +25,15 @@ BioDataScience1::learnr_banner()
2425
BioDataScience1::learnr_server(input, output, session)
2526
```
2627

27-
----
28+
------------------------------------------------------------------------
2829

2930
## Objectifs
3031

31-
- Vérifier que la terminologie relative aux différents outils logiciels qui seront utilisés est connue.
32-
- Auto-évaluer sa compréhension des différentes actions 'Git'.
32+
- Vérifier que la terminologie relative aux différents outils logiciels qui seront utilisés est connue.
3333

3434
## Outils logiciels
3535

36-
Vous avez découvert tout au long de ce premier module de nombreux outils logiciels qui nous avons sélectionné pour vous. Répondez aux questions ci-dessous afin de vous assurer que vous avez compris ces outils.
36+
Vous avez découvert tout au long de ce premier module de nombreux outils logiciels qui nous avons sélectionné pour vous. Répondez aux questions ci-dessous afin de vous assurer que vous avez compris ces outils.
3737

3838
```{r qu_tools}
3939
quiz(
@@ -68,101 +68,9 @@ quiz(
6868
)
6969
```
7070

71-
72-
## Analyse de situation Git
73-
74-
Le gestionnaire de version Git est un outil puissant, mais complexe. C'est souvent le cas lorsqu'on utilise un outil professionnel. Git a une terminologie qui lui est propre. Vous devez vous assurer d'avoir compris les termes suivants : repository, commit, clone, push, pull, fork, pull request. Analysez les situations suivantes basées sur les images schématisant la situation.
75-
76-
### Situation 1
77-
78-
Deux chercheurs distants de plusieurs centaines de kilomètres collaborent sur un projet commun. Ils ont pour cela décidé d'employer un outil de gestion de version et d'héberger ce projet sur un système d'hébergement web dédié pour cela.
79-
80-
Sur base de l'image ci-dessous et de la situation précisée précédemment, répondez aux questions suivantes.
81-
82-
![](images/gestion-version.drawio.png)
83-
84-
```{r qu_git1}
85-
quiz(
86-
question("Qualifiez la situation **A**",
87-
ans(-5, "commit"),
88-
ans(63, "clone"),
89-
ans(14, "push"),
90-
ans(-15, "pull"),
91-
ans(-67, "fetch"),
92-
ans(13, "fork"),
93-
ans(-26, "pull request"),
94-
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
95-
),
96-
question("Qualifiez la situation **B**",
97-
answer("commit"),
98-
answer("clone"),
99-
answer("push", correct = TRUE),
100-
answer("pull"),
101-
answer("fetch"),
102-
answer("fork"),
103-
answer("pull request"),
104-
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
105-
),
106-
question("Qualifiez la situation **C**",
107-
answer("commit"),
108-
answer("clone"),
109-
answer("push"),
110-
answer("pull", correct = TRUE),
111-
answer("fetch"),
112-
answer("fork"),
113-
answer("pull request"),
114-
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
115-
)
116-
)
117-
```
118-
119-
### Situation 2
120-
121-
Le chercheur 2 s'intéresse au projet du chercheur 1, travaille dessus et propose des modifications afin de l'améliorer.
122-
123-
Sur base de l'image ci-dessous et de la situation précisée précédemment, répondez aux questions suivantes.
124-
125-
![](images/fork.png)
126-
127-
```{r qu_git2}
128-
quiz(
129-
question("Qualifiez la situation **A**",
130-
answer("commit"),
131-
answer("clone"),
132-
answer("push"),
133-
answer("pull"),
134-
answer("fetch"),
135-
answer("fork", correct = TRUE),
136-
answer("pull request"),
137-
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
138-
),
139-
question("Qualifiez la situation **B**",
140-
answer("commit", correct = TRUE),
141-
answer("clone"),
142-
answer("push"),
143-
answer("pull"),
144-
answer("fetch"),
145-
answer("fork"),
146-
answer("pull request"),
147-
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
148-
),
149-
question("Qualifiez la situation **C**",
150-
answer("commit"),
151-
answer("clone"),
152-
answer("push"),
153-
answer("pull"),
154-
answer("fetch"),
155-
answer("fork"),
156-
answer("pull request", correct = TRUE),
157-
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
158-
)
159-
)
160-
```
161-
162-
16371
## Conclusion
16472

165-
Vous avez beaucoup de nouveaux outils logiciels à découvrir. Nous progresserons étape par étape pour les maîtriser. Pour l'instant, l'important est d'avoir une vue d'ensemble des différents logiciels utilisés et de comprendre la terminologie de Git.
73+
Vous avez beaucoup de nouveaux outils logiciels à découvrir. Nous progresserons étape par étape pour les maîtriser. Pour l'instant, l'important est d'avoir une vue d'ensemble des différents logiciels utilisés.
16674

16775
```{r comm_noscore, echo=FALSE}
16876
question_text(

‎inst/tutorials/A01Lb_git/A01Lb_git.Rmd‎

Lines changed: 136 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,136 @@
1+
---
2+
title: "Gestion de versions avec git"
3+
author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
4+
description: "**SDD I Module 1** Vocabulaire lié à la gestion de versions avec git."
5+
tutorial:
6+
id: "A01La_outils"
7+
version: 2.0.0/6
8+
output:
9+
learnr::tutorial:
10+
progressive: true
11+
allow_skip: true
12+
runtime: shiny_prerendered
13+
---
14+
15+
```{r setup, include=FALSE}
16+
BioDataScience1::learnr_setup()
17+
SciViews::R()
18+
```
19+
20+
```{r, echo=FALSE}
21+
BioDataScience1::learnr_banner()
22+
```
23+
24+
```{r, context="server"}
25+
BioDataScience1::learnr_server(input, output, session)
26+
```
27+
28+
------------------------------------------------------------------------
29+
30+
## Objectifs
31+
32+
- Auto-évaluer sa compréhension des différentes actions 'Git'.
33+
34+
## Analyse de situation Git
35+
36+
Le gestionnaire de version Git est un outil puissant, mais complexe. C'est souvent le cas lorsqu'on utilise un outil professionnel. Git a une terminologie qui lui est propre. Vous devez vous assurer d'avoir compris les termes suivants : **dépôt** (*repository*), **commit**, **clone**, **push**, **pull**, **fork**, **pull request**. Analysez les situations suivantes basées sur les images schématisant la situation.
37+
38+
### Situation 1
39+
40+
Deux chercheurs distants de plusieurs centaines de kilomètres collaborent sur un projet commun. Ils ont pour cela décidé d'employer un outil de gestion de version et d'héberger ce projet sur un système d'hébergement web dédié pour cela.
41+
42+
Sur base de l'image ci-dessous et de la situation précisée précédemment, répondez aux questions suivantes.
43+
44+
![](images/gestion-version.drawio.png)
45+
46+
```{r qu_git1}
47+
quiz(
48+
question("Qualifiez la situation **A**",
49+
ans(-5, "commit"),
50+
ans(63, "clone"),
51+
ans(14, "push"),
52+
ans(-15, "pull"),
53+
ans(-67, "fetch"),
54+
ans(13, "fork"),
55+
ans(-26, "pull request"),
56+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
57+
),
58+
question("Qualifiez la situation **B**",
59+
answer("commit"),
60+
answer("clone"),
61+
answer("push", correct = TRUE),
62+
answer("pull"),
63+
answer("fetch"),
64+
answer("fork"),
65+
answer("pull request"),
66+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
67+
),
68+
question("Qualifiez la situation **C**",
69+
answer("commit"),
70+
answer("clone"),
71+
answer("push"),
72+
answer("pull", correct = TRUE),
73+
answer("fetch"),
74+
answer("fork"),
75+
answer("pull request"),
76+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
77+
)
78+
)
79+
```
80+
81+
### Situation 2
82+
83+
Le chercheur 2 s'intéresse au projet du chercheur 1, travaille dessus et propose des modifications afin de l'améliorer.
84+
85+
Sur base de l'image ci-dessous et de la situation précisée précédemment, répondez aux questions suivantes.
86+
87+
![](images/fork.png)
88+
89+
```{r qu_git2}
90+
quiz(
91+
question("Qualifiez la situation **A**",
92+
answer("commit"),
93+
answer("clone"),
94+
answer("push"),
95+
answer("pull"),
96+
answer("fetch"),
97+
answer("fork", correct = TRUE),
98+
answer("pull request"),
99+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
100+
),
101+
question("Qualifiez la situation **B**",
102+
answer("commit", correct = TRUE),
103+
answer("clone"),
104+
answer("push"),
105+
answer("pull"),
106+
answer("fetch"),
107+
answer("fork"),
108+
answer("pull request"),
109+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
110+
),
111+
question("Qualifiez la situation **C**",
112+
answer("commit"),
113+
answer("clone"),
114+
answer("push"),
115+
answer("pull"),
116+
answer("fetch"),
117+
answer("fork"),
118+
answer("pull request", correct = TRUE),
119+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
120+
)
121+
)
122+
```
123+
124+
## Conclusion
125+
126+
Vous allez utiliser abondamment git (et GitHub) dans la suite du cours. Il est important de bien comprendre son fonctionnement de base.
127+
128+
```{r comm_noscore, echo=FALSE}
129+
question_text(
130+
"Laissez-nous vos impressions sur ce learnr",
131+
answer("", TRUE, message = "Pas de commentaires... C'est bien aussi."),
132+
incorrect = "Vos commentaires sont enregistrés.",
133+
placeholder = "Entrez vos commentaires ici...",
134+
allow_retry = TRUE
135+
)
136+
```

‎inst/tutorials/A01La_outils/images/clone.png‎ renamed to ‎inst/tutorials/A01Lb_git/images/clone.png‎

File renamed without changes.

‎inst/tutorials/A01La_outils/images/fork.png‎ renamed to ‎inst/tutorials/A01Lb_git/images/fork.png‎

File renamed without changes.

‎inst/tutorials/A01La_outils/images/gestion-version.drawio.png‎ renamed to ‎inst/tutorials/A01Lb_git/images/gestion-version.drawio.png‎

File renamed without changes.

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